Sbírkový fond bezobratlých je rozdělený do dvou referátů, malakologického a arachnologického, a to podle nejpočetněji zastoupených skupin bezobratlých živočichů. Největšími částmi evertebratologické podsbírky jsou sbírky měkkýšů (Mollusca), korálnatců (Anthozoa), pavouků (Araneae), korýšů (Crustacea), kroužkovců (Annelida) a ostnokožců (Echinodermata). Sbírky bezobratlých doplňují i preparáty stonožkovců (Myriapoda), dalších pavoukovců (Arachnida), ploštěnců (Platyhelminthes), hlístic a strunovců (Nematoida), zástupců tzv. malých kmenů a protistů (prvoků). Tyto početně rozsáhlé sbírky slouží ke studiu našim i zahraničním badatelům, studentům a každému, kdo se odborně zajímá o jakoukoliv zoologickou problematiku. Jsou zdrojem popularizace zoologie, ekologie a vědeckých poznatků o vývoji přírody.

Specifickou část sbírky představují mořští bezobratlí, především houbovci (Porifera), žahavci (Cnidaria), desetinožci (Decapoda, z nichž nejpočetnější je kolekce krabů) a ostnokožci (Echinodermata), zastoupení především hvězdicemi a ježovkami. Mořský materiál, získaný většinou jako dary cestovatelů, zejména potápěčů, slouží pro svoji atraktivnost převážně k výstavním účelům.
Nejdůležitější a vědecky nejhodnotnější částí sbírky bezobratlých je typový materiál, tedy jedinci, na základě kterých byly popsány nové druhy. Nejvíce typového materiálu náleží pavoukům (Araneae) a sekáčům (Opiliones), dále měkkýšům (Mollusca), žížalám (Opisthopora), roztočům (Acari), stonožkám (Chilopoda), štírům (Scorpiones) a protistům. Několik typových exemplářů je přítomno i ve sbírce korýšů (Crustacea), strunovců (Nematomorpha), želvušek (Tardigrada), vířníků (Rotifera) a mnohonožek (Diplopoda).

Malakologický referát Zoologického oddělení NM (kurátor Jaroslav Hlaváč) shromáždil za 200 let své existence rozsáhlou sbírku všech skupin měkkýšů, žahavců a houbovců. Jsou v ní zastoupeny nejen sběry z území bývalého Československa (sbírka J. Brabence), ale i z různých zemí celého světa. Materiál je získáván dary, koupěmi a také vlastní výzkumnou činností pracovníků Zoologického oddělení. Mezi nejcennější patří fond korálnatců, z měkkýšů pak, mimo jiné, zástupci čeledí Cypraeidae (Cypraea auratinum), Pleurotomariidae (Pleurotomaria beyrichii) a Conidae a dále pak typový materiál. Současný stav malakologické sbírky představuje minimálně jeden a půl milionu kusů, z nichž pouze nepatrná část je součástí stálé expozice bezobratlých.

Arachnologická sbírka (kurátor Petr Dolejš), tedy pavouci a jejich příbuzní, tvoří jednu z nejvýznamnějších část fondu bezobratlých. Její stěžejní kolekcí je jednak sbírka pavouků (Araneae) prof. Františka Millera a prof. Jana Buchara a dále bohatý dokladový materiál, získaný dr. Antonínem Kůrkou v letech 1971–2011 v souvislosti s faunistickým výzkumem ohrožených a chráněných území České republiky. Významnou součást tvoří sbírka sklípkanů Františka Kovaříka, hojně využívaná i pro výstavní účely. Další je početná kolekce sekáčů (Opiliones), která je dokladem celoživotní vědecké práce dr. Vladimíra Šilhavého, a sbírka roztočů (Acari) doc. Miroslava Kunsta. Kromě pavoukovců je významná i kolekce stejnonožců (Isopoda) dr. Marie Flasarové. Do arachnologického referátu spadá i velká sbírka opaskovců (Clitellata) s mikropreparáty i tekutinovými preparáty, získanými jak vlastními sběry, tak jako doklad životního díla prof. Sergeje Hraběte a dr. Evy Liškové.

Dolejš Petr, RNDr., Ph.D.

Kurátor sbírky pavouků, zástupce ved. oddělení
E-mail: petr_dolejs@nm.cz
Telefon: 224 497 865

Hlaváč Jaroslav, RNDr., Ph.D.

Kurátor sbírky měkkýšů
E-mail: jaroslav_hlavac@nm.cz
Telefon: 224 497 866

Šafra Martin

Preparátor sbírky bezobratlých
E-mail: martin_safra@nm.cz
Telefon: 224 497 867